Во руската енциклопедија од 1896 година јасно е посведочено дека македонските црковни епархии еден период биле самостојни и самоорганизирани.
До пред Сан-Стефанскиот и Берлинскиот договор, дел од македонските цркви, сѐ уште биле самостојни во рамките на Османлиската империја. Но турските власти сметале дека црквите се опасност и дека може да го организираат народот на нови бунтови, па решиле да ги предадат под власт на веќе формираните црковни епархии на Грција и Бугарија.
Кога црквите биле доделени на бугарската и грчката црковна управа, почнала пропаганда која освен образовно, делувала и на вооружен план, вооружувајќи ги месните жители за да се бијат едни со други, вршејќи со тоа голема штета на народно-ослободителното движење во Македонија.
